Zakonom o državnoj službi u Federaciji BiH, direktor zastupa i predstavlja Zavod, potpisuje sve akte iz nadležnosti Zavoda, odgovoran je za korištenje materijalnih i nematerijalnih potencijala.
U KPZ PT Sarajevo postoji zamjenik direktora, koji zamjenjuje direktora u slučaju njegove odsutnosti i spriječenosti i pomaže direktoru u izvršavanju poslova iz njegove nadležnosti.
Svaki sektor Zavoda, ima pomoćnika direktora, koji vodi svoj sektor.
Direktor i zamjenik direktora Kazneno popravnog zavoda za svoj rad odgovaraju Vladi Federacije i Federalnom ministru pravde.
